Filem ini berasarkan kisah dewa dewa orang Mesir. Dewa yang menjadi kepercayaan pernah hidup bersama manusia di Mesir satu ketika dahulu. Kisah bermula pada masa upacara perlantikan dewa Horas untuk menjadi raja seluruh Mesir. Pada saat itu manusia yang bercinta iaitu Bek.. dan Zaya akan menghadiri upacara pertabalan.
Horas adalah anak Osiris yang memerintah sepanjang sungai Nil, bapa saudaranya adalah dewa Set yang diberi tugas memerintah seluruh padang pasir. Pada hari pertabalan para dewa dewa Mesir semua hadir memberi hadiah dan penghormatan bersama lautan manusia yang menjadi rakyat. Perlantikan Horas ditentang oleh dewa Set, berlakulah perbalahan, Osiris di bunuh dan Horas dicungkil matanya kemudian dihalau ke padang pasir oleh Set.
Pemerintahan dewa Set yang zalim menyebabkan ramai dewa dewa membantah tetapi semuanya dihapuskan oleh Set. Bek yang merupakan seorang manusia yang dilamun cinta dengan Zaya terlibat dalam persengketaan para dewa, Bek mencuri satu mata Horas yang disimpan di satu tempat yang dikawal ketat dengan bantuan Zaya, tindakan itu menyebabkan Zaya terbunuh, Bek meminta bantuan Horas untuk mengembalikan semula Zaya ke dunia.
Kisah God Of Egypt ini juga menceritakan perjalanan roh orang mati yang melalui pelbagai peringkat perjalanan di akhirat dengan diiringi malaikat yang diberi nama Anubis. Di akhir perjalanan manusia diminta memberikan ganjaran kepada penjaga titian dalam bentuk harta atau apa saja yang lebih berat daripada sehelai bulu burung yang di timbang di atas dacing, timbangan yang berat akan membawa ke tempat yang bahagia dan yang ringan atau tiada apa- apa sumbangan akan hancur berakhir kehidupan mereka.
Horas yang sudah ada sebelah mata telah merayu dan memohon bantuan datuknya iaitu Dewa Ra yang menguasai matahari. Selepas mendapat keizinan datuknya bermulalah perjalanan Horas bersama Bek untuk mendapatkan sebelah lagi matanya bagi menghadapi dewa Set, dalam perjalanan ini mereka ditemani oleh dewa cinta Hathor yang lari daripada pengaruh Set, dewa cinta membantu Bek untuk masuk ke alam kematian berjumpa Zaya.
Kezaliman dewa Set mencapai kemuncak bila dia berjumpa ayahnya Ra, terjadi pertengkaran dan perbalahan hingga Ra tewas kepada Set, Mesir menhadapi bencana, sungai Nil diancam oleh raksasa galaksi jahat, dalam kekalutan ini Horas bersama Bek berlawan dengan dewa Set akhirnya dewa Set tewas, Mesir kembali aman.
Apa yang menarik selepas dewa Horas memerintah manusia, dia telah menetapkan bahawa setiap kematian tidak dinilai berdasarkan harta yang dibawa bersama tetapi amalan kebaikan dan jasa yang menentukan nilai yang akan ditimbang di neraca akhirat.
